โรงเรียนหนองไม้แก่นวิทยาสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาฉะเชิงเทรากระทรวงศึกษาธิการเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาประจำตำบลขนาดเล็ก ได้ถือกำเนิดขึ้นมาจากชุมชนได้เล็งเห็นความสำคัญและคุณประโยชน์ในการศึกษาของบุตรหลานในท้องถิ่น ซึ่งขณะนั้นการเดินทางไปศึกษาระดับมัธยมศึกษาต้องเดินทางไปที่อำเภอใกล้เคียง หรือเขตจังหวัดอื่น การคมนาคมไม่สะดวก โดยเฉพาะในฤดูฝน ถนนลูกรังเป็นหลุมเป็นบ่อถนนบางเส้นเป็นถนนที่ชาวบ้านช่วยกันสร้างขึ้นมามีผู้นำให้การก่อตั้งโรงเรียนขึ้นได้แก่ กำนันสมศักดิ์ ยินดีสุข, นายจรัล ทองนาค, นายเล้ง แซ่ตั้ง, นายวิกรานต์ คุตติวรัญญู, นายฮะเช็ง เนื่องจำนง, นายสมชาย จิรารัตนกุลชัย, กำนันชะเอม มั่นภักดี โดยมี นายฮะเช็ง เนื่องจำนง  บริจาคที่ดินจำนวน 50 ไร่

กระทรวงศึกษาธิการ ได้ประกาศจัดตั้งให้เป็นโรงเรียนเมื่อวันที่ 17 มีนาคม 2526  ชื่อ “โรงเรียนหนองไม้แก่นวิทยา” เปิดทำการจัดการเรียนการสอนครั้งแรกในระดับชั้นมัธยมศึกษาตั้งแต่ปีที่ 1 เมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม พ.ศ.2526 มีนักเรียนจำนวน 80 คนโดยมีนายสุรพล ธีระกุล เป็นครูใหญ่คนแรก และนายบัญชา ศุภวรรณ อาจารย์ 1 ระดับ 3 โรงเรียนไผ่แก้ววิทยามาช่วยราชการ

ปัจจุบันปีการศึกษา 2567 โรงเรียนหนองไม้แก่นวิทยา สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษฉะเชิงเทรา  เปิดทำการจัดการเรียนการสอนตั้งแต่ ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 มีบุคลากร จำนวน 12 คน จำแนกเป็นผู้อำนวยการโรงเรียน 1 คน ครูประจำการ 10 คน  พนักงานราชการ 1 คน มีนักเรียนจำนวน 94 คน จำแนกเป็นชาย 42 คน และ หญิง 52 คน โดยมี นายณัฏฐ์สุภณ เนื้อศรี ดำรงตำแหน่งเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนหนองไม้แก่นวิทยา 

อับเดตข้อมูล ณ วันที่ 16 พฤษภาคม 2567